Hacia 1492 se funda San Sebastián de los Reyes junto a una ermita dedicada a San Sebastián situada en el llamado Cerro del Égido, en término de la Villa de Madrid. Tradicionalmente se ha venido indicando que dicha ermita ocupaba el lugar de las actuales Capilla de la Inmaculada y de la Sacristía. Aunque no se ha podido comprobar, es muy posible que así sea, conformándose la referida ermita como un edificio de planta rectangular realizado con hiladas de ladrillo y cajones de mampostería, cabecera cuadrada y orientada al este como es tradicional.
Ya en 1496 los Reyes de Castilla y Aragón, Isabel y Fernando, firman una provisión real para recaudar fondos que sufraguen la ampliación de la ermita y su bendición; y en 1501 los vecinos de la nueva población se dirigen al Arzobispo de Toledo para “que dé, si es posible sin perjuicio de tercero, licencia para tener clérigo que les diga misa y administre los sacramentos”. Como respuesta a esta petición, el 27 de noviembre de 1508 se realizó la solemne bendición de la iglesia por D. Fray Juan de Bustamante, Obispo de Acadia, procediéndose a la lectura de una carta del Cardenal Francisco Jiménez de Cisneros, y con la presencia de los regidores de Madrid. Muy posiblemente, la referida iglesia sería acaso una ampliación de la antigua ermita, de la que según los estudios realizados para la actual restauración, sólo quedarían actualmente fragmentos de muros en el lado sur de la Capilla Mayor, junto a la Capilla del Santísimo, y en un muro contiguo a la Sacristía que aparece recrecido respecto al resto.
Pero, como en el caso del Ayuntamiento, la bendición de la nueva iglesia supone una serie de enfrentamientos con las autoridades y vecinos de Alcobendas, dirigidas por su Señor D. Juan Arias Dávila. D. Juan Arias interpuso una causa judicial, recurriendo ante D. Francisco de Céspedes, Abad de Ntra. Sra. de los Huertos, de la Ciudad de Segovia, quien revocó la orden de bendición. Los sansebastianenses no se arredraron, y recurrieron al Prior de Ntra. Sra. de los Ángeles, de Alcalá de Henares, resolviendo el Cardenal Cisneros mediante Acta Notarial Eclesiástica de 23 de noviembre de 1515 en la que ratifica la consagración.
A partir de 1565, conseguidos los fondos económicos, es cuando según los Libros de Fábrica y las respuestas dadas por el Alcalde Martín Aguado y el escribano Juan del Campo en las Relaciones Topográficas de Felipe II de 1578, se construiría el actual templo. Así en las referidas Relaciones, a la pregunta 31 contestan: “agora…se ha edificado una iglesia…donde primero estaba una ermita, la cual se hizo y reedificó en dos años, que tiene noventa pies de largo…, que tiene dos cuerpos y dos naves, los pilares de piedra berroqueña…y los arcos de ladrillo. Todo de madera de Cuenca…que todo ello se ha hecho desde a seis de abril del año de setenta y seis hasta agora (23 de diciembre de 1579)” Estas mismas Relaciones Topográficas de 1569 nos aportan el dato del primer bautizado de la nueva iglesia: Sebastián Perdiguero, el Viejo.
Fuente: Web parroquial